Les projets de recherche de l'ECR s’attachent à l’étude des matériaux et des structures ainsi que des fonctionnalités musicales de l’instrument de musique et de leurs évolutions. Ils visent à identifier les modalités et les objectifs initiaux de leurs mises en œuvre, à révéler les savoir-faire d’une époque et d’un lieu et trouvent leurs applications directes dans la conception et la mise en place des choix de conservation, particulièrement concernant le maintien de l’état de jeu. Ces projets de recherche sont organisés selon les sept grands axes thématiques suivants:

• L'archéométrie
• L'histoire des collections non occidentales
• L'imaginaire de la musique dans la peinture
• Les musiques du Roi
• Les enrichisseurs de timbre
• Les grandes dynasties
• La mécanique vibratoire et la modélisation

Par ailleurs, des travaux de recherche appliqués en conservation-restauration sont réalisés dans l'ECR, certains à travers des collaborations avec l'équipe CRCC; les retombées de ces travaux concernent aussi bien la collection du Musée de la musique que les oeuvres du patrimoine en général.